Markus Seeger arbeitet seit 2009 als Nachwuchsgruppenleiter am Biochemischen Institut in der Gruppe von Markus Grütter. Er wird unterstützt durch ein SNF Ambizione Stipendium.
Seine Forschung beschäftigt sich mit ABC Membrantransportern die am Herauspumpen von Antibiotika aus Bakterien beteiligt sind. Er kombiniert Röntgenkristallographie mit biochemischen und biophysikalischen Methoden und setzt DARPins und andere Bindungsmoleküle ein um die Kristallisation zu begünstigen und um Membranproteine zu manipulieren und zu untersuchen.
Markus Seeger studierte Biotechnologie an der ETH Zürich. Danach absolvierte er seine Doktorarbeit am Institut für Mikrobiologie (ETH Zürich) und am Physiologischen Institut der Universität Zürich. Nach der Doktorarbeit führte er seine Forschung im Pharmakologischen Institut der Universität Cambridge in England fort.